滤纸纤维和水有较强的亲和力，能吸收22％左右的水，而且其中6~7％的水是以氢键形式与纤维素的结合，在一般条件下较难脱去，而滤纸纤维与农业生产体系溶剂的亲和力甚痊所以一般的纸层析实际上是以滤纸纤维的结合水为固定相，以农业生产体系溶剂为流动相，当流动相沿纸经过样品时，样品点上的溶质在水和农业生产体系相之间不断进行分配，一部分样品随流动相移动，进入无溶质区，此时又重新分配，一部分溶质由流动相进入固定相（水相）。随着流动相的不断移动，各种不同的部分按其各自的分配系数不断进行分配，并沿着流动相移动，从而使物质得到分离和提纯。